Как Софийский собор в Киеве стал униатским, великий упадок храма и возрождение Софии Киевской гетманом Мазепой
После Брестской унии 1596 года Софийский собор перешел в руки униатов. Время и человеческое небрежение наносили огромный урон постройке: свинцовая кровля была снята охотниками за металлом, кладка стен разбиралась на строительные материалы. В первой четверти XVII столетия рухнула западная стена храма, завалив обломками главный вход.
Возрождение святыни, история которой к тому времени насчитывала уже шесть веков, началось при знаменитом митрополите Петре Могиле. Он отобрал собор у униатов, отреставрировал его и основал при нем мужской монастырь. Внутри Софии стараниями митрополита был сооружен деревянный позолоченный иконостас, центральное место в котором занимала, конечно же, храмовая икона Святой Софии. Однако полностью восстановить собор Петр Могила не успел — в частности, западная его стена по-прежнему лежала в руинах.
Возрождение Софии гетманом Мазепой
Окончательное обновление собора, сопровождавшееся, правда, основательной перестройкой, произошло в эпоху гетмана Ивана Мазепы и митрополита Варлаама Ясинского. Именно тогда храму были приданы характерные формы украинского барокко — интереснейшего направления в восточнославянском искусстве XVII-XVIII веков, и он в основном приобрел современный облик. При Софии соорудили колокольню (перестроена в 1740-е годы); на ней до сих пор висит отлитый в те же годы колокол, который носит название «Мазепа». На протяжении XVIII столетия значительно менялись и интерьеры собора. Внутреннее пространство за счет частичной перестройки стало более просторным, стены были украшены пышными фресками, закрывшими древние росписи. В 1786 году, на волне секуляризационных мероприятий Екатерины II, монастырь при Софии упразднили, а сам храм объявили кафедральным собором Киева.
С XIX века началось научное исследование храма. В 1843-1853 годах под руководством Ф. Г. Солнцева, одного из родоначальников изучения истории древнерусского искусства, София капитально реставрировалась. В соборе при этом открыли колоссальный ансамбль древних фресок, к тому времени уже совершенно забытых. Постепенно выдающийся храм становился не только религиозной святыней, но и памятником величайшего культурного значения.